食品的危害分析是HACCP七大原理之一，也是企業實施HACCP體系的一項基礎工作。所謂食品危害分析是指識別出食品中可能存在的給人們身體帶來傷害或疾病的生物、化學和物理因素，并評估危害的嚴重程度和發生的可能性，以便采取措施加以控制。食品危害分析一般分為危害識別和危害評估。
危害識別
食品的危害識別在HACCP體系中是十分關鍵的環節，它要求在食品原料使用、生產加工和銷售、包裝、運輸等各個環節對可能發生的食品危害進行充分的識別，列出所有潛在的危害，以便采取進一步的行動。食品中的危害一般可分為生物危害、化學危害和物理危害。
生物危害
生物危害包括病原性微生物、病毒和寄生蟲。
病原性微生物一般會導致食源性疾病的發生，且發病率較高。在美國平均每年達3萬多例，我國每年報告的集體發病事件，多數也屬于食源性疾病。病原性微生物對人體健康造成的傷害包括食源性感染和食源性中毒。食源性感染會造成腹瀉、嘔吐等癥狀；食源性中毒，即食物中毒，對人體造成的危害更加嚴重。病原性微生物主要的來源是，在適宜的環境如營養成分、pH值、溫度、水活度、氣體（氧氣）等條件下，微生物會快速繁殖，從而引起食物腐敗變質。
病毒比細菌更小，食品攜帶上病毒后，可以通過感染人體細胞從而引起疾病。如1998年春天上海暴發的大規模甲肝，造成大約30萬人感染上甲型肝炎病毒，導致發燒、腹痛腹瀉、肝臟炎癥并伴有黃疸等癥狀。病毒污染食品的途徑一般如下：一是動植物原料環境感染了病毒，如上海甲肝病流行就是人們食用的毛蚶生長水域感染了甲肝病毒。二是原料動物攜帶病毒，如牛患狂犬病或口蹄疫。三是食品加工人員帶有病毒，如乙肝患者。
寄生蟲通常寄生在宿主體表或體內，通過食用攜帶寄生蟲的食品而感染人體，可能出現淋巴結腫大、腦膜炎、心肌炎、肝炎、肺炎等癥狀。比如人們比較熟悉的豬囊蟲病，就是人們食用了未煮熟的囊蟲病豬肉而被感染。
寄生蟲污染食品的途徑有以下幾種：一是原料動物患有寄生蟲病，二是食品原料遭到寄生蟲卵的污染，三是糞便污染、食品生熟不分。
化學危害
化學危害一般可分為天然的化學危害、添加的化學危害和外來的化學危害。
天然的化學危害來自于化學物質，這些化學物質在動物、植物自然生產過程中產生，如人們常說的毒蘑菇、某些生長在谷物上的霉菌可以生成毒素（比如黃曲霉毒素可以致癌）、河豚中含有的毒素、某些貝類因食用一些微生物和浮游植物而產生貝毒素。
添加的化學危害是人們在食品加工、包裝運輸過程中加入的食品色素、防腐劑、發色劑、漂白劑等，如果超過安全水平使用就成為危害。
外來的化學危害主要來源于以下幾種途徑：一是農用化學藥品，如殺蟲劑、除草劑、化肥等的使用。二是獸用藥品，如獸醫治療用藥、飼料添加用藥在動物體內的殘留。三是工業污染如鉛、砷、汞等化學物質進入動植物及水產品體內，食品加工企業使用的潤滑劑、清潔劑、滅鼠藥等化學物質污染食品。
化學危害對人體可能造成急性中毒、慢性中毒、影響人體發育、致畸、致癌甚至致死等后果。
物理危害
物理危害是指在食品中發現的不正常有害異物，當人們誤食后可能造成身體外傷、窒息或其他健康問題。比如食品中常見的金屬、玻璃、碎骨等異物對人體的傷害。物理危害主要來源于以下幾種途徑：植物收獲過程中摻進玻璃、鐵絲鐵釘、石頭等；水產品捕撈過程中摻雜魚鉤、鉛塊等；食品加工設備上脫落的金屬碎片、燈具及玻璃容器破碎造成的玻璃碎片等；畜禽在飼養過程中誤食鐵絲，畜禽肉和魚剔骨時遺留骨頭碎片或魚刺。
危害評估
所謂危害評估就是對識別出來的食品危害是否構成顯著危害進行評價。事實上，HACCP體系并不是要控制所有的食品危害，只是控制顯著危害。顯著危害控制住了，也就降低了食品危害風險系數。
哪些危害是顯著危害？一般應從兩個方面來確定：一是發生的可能性（風險性），二是一旦控制不當會給人們帶來不可接受的健康損害（嚴重性）。在實踐中，一般是根據工作經驗、流行病學數據、客戶投訴及現有的技術資料、信息來評估危害發生的可能性；用政府部門、權威研究機構向社會公布的風險分析資料、信息來判定危害的嚴重程度。需要注意的是，在進行危害分析時必須考慮到加工企業無法控制的因素，如銷售、運輸環節及食用方式等。這些因素應在食品包裝上以適當的文字或圖形加以說明，給消費者合適的信息，防止食品在食物鏈后期發生不必要的食品危害。對某些食品還應注明合適的消費人群，由于消費群體的不同或食用方式的不同，有時可能造成危害，有時可能不構成危害，比如兒童食用果凍就曾經發生過窒息死亡事件，魚骨魚刺對成年人來說通常不是危害，但對兒童就有可能構成危害。
食品危害的識別和分析一般由食品加工企業HACCP體系負責小組來完成，也可以聘請技術專家來指導完成。同時，HACCP體系負責小組應對歷史上發生過的一些食品安全事件加以關注，尤其是流行病的發生，以充分考慮新出現的食品危害。比如，對來自歐洲的牛肉，前幾年可能不會考慮瘋牛病帶來的危害，而現在則應將其作為顯著危害來對待。
在危害識別、分析過程中，HACCP體系負責小組應組織人員以自由討論方式進行，集思廣益，廣開言路，盡可能發現潛在危害，防止遺漏顯著危害。
控制措施
控制措施是預防措施而非糾正措施，即通過預先的行動來防止或消除食品危害的發生或將其危害降到可接受的水平，而控制措施主要是針對顯著危害而言的。在實踐中，可以有很多方法來控制食品危害的發生，有時一個顯著危害只需一種控制方法就可以控制，有時可能同時需要幾種方法來控制；有時一種方法也可以同時控制幾種不同的危害。一般情況下控制措施有幾種：
生物危害的控制措施
對病原性微生物（細菌）的控制可以有以下幾種措施：加熱和蒸煮，可以使致病菌失活。冷卻和冷凍，可以抑制細菌生長。發酵或pH值控制，可以抑制部分不耐酸的細菌生長。添加鹽或其他防腐劑，可以抑制某些致病菌生長。干燥，通過高溫或低溫干燥，可以殺死某些致病菌或抑制某些致病菌生長。
源頭控制，從非污染區域和合格供應商（如捕撈許可證、檢疫證明等）采購食品原料。
化學危害的控制措施
源頭控制：對化學危害的控制有時比控制生物危害更加困難，如農藥、獸藥的殘留問題，一般可考慮從非污染區域和合格供應商采購食品原料，有條件的可以選擇通過有機產品認證的食品原料。
加工過程控制：合理使用食品添加劑。
物理危害的控制
對物理危害的控制：一是靠預防，如通過供應商和原料控制盡可能減少雜質的摻入；二是通過金屬探測、磁鐵吸附、篩選、空氣干燥機等方法控制；三是通過眼看、手摸等方法進行人工挑選。
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