第三方認證機構的HACCP認證，不僅可以為企業食品安全控制水平提供有力佐證，而且將促進企業HACCP體系的持續改善，尤其將有效提高顧客對企業食品安全控制的信任水平。在國際食品貿易中，越來越多的進口國官方或客戶要求供方企業建立HACCP體系并提供相關認證證書，否則產品將不被接受。據中國進出口商品檢驗總公司HACCP認證協調中心主任朱曉南介紹，HACCP體系認證通常分為四個階段，即企業申請階段、認證審核階段、證書保持階段、復審換證階段。
企業申請階段首先，企業申請HACCP認證必須注意選擇經國家認可的、具備資格和資深專業背景的第三方認證機構，這樣才能確保認證的權威性及證書效力，確保認證結果與產品消費國官方驗證體系相銜接。在我國，認證認可工作由國家認證認可監督管理委員會統一管理，其下屬機構中國合格評定國家認可委員會（CNAS）負責HACCP認證機構認可工作的實施，也就是說，企業應該選擇經過CNAS認可的認證機構從事HACCP的認證工作。
食品企業在提交認證申請前，應與認證機構進行全面有效的信息溝通。HACCP不是空中樓閣，它要求食品企業應首先具備一定的基礎，這些基礎包括：良好生產作業規范（GMP）、良好衛生操作（GHP）或標準衛生操作程序（SSOP）以及完善的設備維護保養計劃、員工教育培訓計劃等，企業應該已經按照現有中國法律法規的相關規定，如原國家出入境檢驗檢疫局于1994年發布的“出口食品廠庫衛生要求”或國家標準“食品企業通用衛生規范”（GB14881－94）等建立了食品衛生控制基礎，企業應該已經具備在衛生環境下對食品進行加工的生產條件。申請認證的企業應就審核依據，特別是認證所涉及產品的安全衛生標準及產品消費對象、消費國家和地區等達成一致。
認證機構將對申請方提供的認證申請書、文件資料、雙方約定的審核依據等內容進行評估。認證機構將根據自身專業資源及CNAS授權的審核業務范圍決定受理企業的申請，并與申請方簽署認證合同。
在認證機構受理企業申請后，申請企業應提交與HACCP體系相關的程序文件和資料，例如：危害分析、HACCP計劃表、確定CCP點的科學依據、廠區平面圖、生產工藝流程圖、車間布局圖等。申請企業還應聲明已充分運行了HACCP體系。認證機構對企業提供和傳授的所有資料和信息負有保密責任。認證費將根據企業規模、認證產品的品種、工藝、安全風險及審核所需人天數，按照CNAS制定的標準計費。
認證審核階段認證機構受理申請后將確定審核小組，并按照擬定的審核計劃對申請方的HACCP體系進行初訪和審核，鑒于HACCP體系審核的技術深度，審核小組通常會包括熟悉審核產品生產的專業審核員，專業審核員是那些具有特定食品生產加工方面背景并從事以HACCP為基礎的食品安全體系認證的審核員。必要時審核小組還會聘請技術專家對審核過程提供技術指導。申請方聘請的食品安全顧問可以作為觀察員參加審核過程。
HACCP體系的審核過程通常分為兩個階段，第一階段是進行文件審核，包括SSOP計劃、GMP程序、員工培訓計劃、設備保養計劃、HACCP計劃等。這一階段的評審一般需要在申請方的現場進行，以便審核組收集更多的必要信息。審核組根據收集的信息資料將進行獨立的危害分析，在此基礎上同申請方達成關鍵控制點（CCP）判定眼光的一致。審核小組將聽取申請方有關信息的反饋，并與申請方就第二階段的審核細節達成一致。第二階段審核必須在審核方的現場進行。審核組將主要評價HACCP體系、GMP或SSOP的適宜性、符合性、有效性。其中會對CCP的監控、糾正措施、驗證、監控人員的培訓教育，以及在新的危害產生時體系是否能自覺地進行危害分析并有效控制等方面給予特別的注意。
現場審核結束，審核小組將根據審核情況向申請方提交不符合項報告，申請方應在規定時間內采取有效糾正措施，并經審核小組驗證后關閉不符合項，同時，審核小組將最終審核結果提交認證機構作出認證決定，認證機構將向申請人頒發認證證書。
證書保持階段鑒于HACCP是一個安全控制體系，因此其認證證書有效期通常最多為一年，獲證企業應在證書有效期內保證HACCP體系的持續運行，同時必須接受認證機構至少每半年一次的監督審核。如果獲證供方在證書有效期內對其以HACCP為基礎的食品安全體系進行了重大更改，應通知認證機構，認證機構將視情況增加監督認證頻次或安排復審。
復審換證階段認證機構將在獲證企業HACCP證書有效期結束前安排體系的復審，通過復審認證機構將向獲證企業換發新的認證證書。
此外，根據法規及顧客的要求，在證書有效期內，獲證方還可能接受官方及顧客對HACCP體系的驗證。
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